Son génie fut à multiples facettes. Cet homme, avide de connaissances, avait à force de patience, constitué une des plus vastes bibliothèques de son pays, qu'il légua au Congrès à la fin de sa vie. En plus d'être un gentilhomme cultivé, il était doté d'une ingéniosité rare. A l'instar de son contemporain Benjamin Franklin, il inventa quantité de machines et dispositifs variés notamment dans le domaine agraire. Il était également architecte et dessina dans un style néoclassique un brin inspiré de Palladio, entre autres, le capitole de Richmond en Virginie, la rotonde de l'université dont il fut le fondateur, et naturellement sa maison de Monticello.
Jefferson était plutôt modeste. Lui qui présida les Etats-Unis durant 8 ans ne voulut pas que cela fut mentionné sur sa tombe. Pour la postérité, il n'était fier que de 3 actions : la déclaration d'indépendance, la fondation de l'Université de l'état de Virginie, et la loi sur les libertés religieuses de la même Virginie.
Sa vision pragmatique le conduisit à faire des choix heureux. Il parvint ainsi à obtenir le plus paisiblement possible de Napoléon 1er, qu'il lui cède pour un prix d'ami la Louisiane, ce qui doubla d'un coup la superficie des Etats-Unis ! Il fut l'initiateur de la Conquête de l'Ouest qu'il préfigura en commandant la fameuse expédition Lewis et Clark, laquelle explora les terres inconnues, jusqu'aux rives du Pacifique. Enfin, bien qu'il fut partisan d'une grande liberté d'expression en matière de croyance religieuse, il était quant à lui agnostique et oeuvra infatigablement pour la séparation de l'église et de l'Etat.
Propagée initialement par un journaliste résolument hostile à ses idées, James Callender, elle l'accusait d'entretenir des relations charnelles avec une esclave qui était à son service, Sally Hemings (1773-1835).
On ne sait pas grand chose de cette femme, si ce n'est qu'elle fut la mère de 6 ou peut-être même de 7 enfants. Elle vécut à Monticello jusqu'à la mort du président et certains prétendaient que sa progéniture avait quelque ressemblance physique avec le grand homme. Deux de ses fils, Eston et Madison affirmèrent même que leur père était Thomas Jefferson. A l'inverse, la première fille du président, Martha Jefferson Randolph soutenait le contraire, attribuant l'air de famille à l'implication du frère cadet Randolph, ou bien des neveux de Jefferson, Peter et Samuel Carr...
Il n'est pas inutile de mentionner que Jefferson qui n'était selon toute probabilité pas raciste au sens où on l'entend communément (il abolit la traite des noirs) avait une réticence avouée pour le métissage : « The amalgamation of whites with blacks produces a degradation to which no lover of his country, no lover of excellence in the human character, can innocently consent »
Pour d'autres, l'incertitude persiste. Même si la liaison est plausible, voire probable, il est possible de rester dubitatif à l'instar des membres de la Thomas Jefferson Heritage Society. S'il est en effet envisageable que Jefferson ait pu avoir à un moment ou un autre des relations avec Sally, on imagine tout de même mal qu'il les ait poursuivies avec une assiduité telle qu'elles mènent à la conception de 6 enfants (dont le dernier Eston, naquit alors qu'il avait atteint 65 ans) ! Comme on comprend mal que jamais il n'y ait fait la moindre allusion, même à titre posthume. D'autant qu'il connaissait les insinuations qu'on faisait à ce sujet. Si la rumeur était fondée, on peut penser qu'il eut ressenti tôt ou tard le besoin de l'avouer. Si elle était fausse en revanche, il pouvait lui paraître vain de tenter de s'en défendre, vu qu'il lui était impossible de fournir quelque preuve tangible...
Eu égard aux très grandes qualités humaines de cet homme, et parce qu'imaginer un tel mensonge par omission paraît déplacé, je suis tenté pour ma part de lui accorder le bénéfice du doute...